L'autore può caricare file supplementari nel 'Passo 4' del processo di Submission. I file supplementari sono predisposti per includere insiemi di dati, strumenti di ricerca, testi originali o altri materiali ancora. In aggiunta, l'autore indicizzerà i file suopplementari indipendentmente dalle submission permettendo così ai file di far parte di un indice più ampio e per renderli rintracciabili da eventuali interessati.

Formato dei file supplementari. I file supplementari sono caricati nel loro formato originale — e sul quale non hanno restrizioni — e rimangono in quel formato, al contrario del resto della submission che deve essere in un formato standard e sarà impaginata e preparata per la pubblicazione. Questo significa che gli insiemi di dati che sono disponibili nei fogli elettronici o dimostrazioni flash possono essere caricate e preservate in quel formato; ma questo potrebbe porre problemi ai lettori. Gli autori devono tenere questo da conto infatti chiarendo, nella descrizione del file supplementare, dove si possono trovare software scaricabili liberamente che permettano di aprire e visualizzare i file supplementari.